Fui faturar um cliente mas o sistema alega que não há vendas a serem cobradas. O que está acontecendo?

Provavelmente essas vendas foram faturadas em outras cobranças ou então foram excluídas.

Se estão faturadas em outra cobrança realmente não tem o que cobrar.

Caso tenham sido canceladas, deverão ser geradas novas vendas para que o faturamento consigo capturar e gerar as cobranças.