Um cliente pagou, capturamos o arquivo de retorno mas não mostra no arquivo de retorno a quitação. O que fazer?

Primeiro certifique-se de que o cliente realmente realizou o pagamento pedindo um comprovante da liquidação do título.
Assim que o cliente enviar o comprovante, compare a linha digitável do comprovante com a do boleto clicando no link de impressão do boleto em Financeiro > Contas a Receber.

Verifique também a data de quitação do título. Como os boletos geralmente precisam de 1 a 3 dias úteis para compensação, boletos pagos no mesmo dia não aparecerão nos arquivos de retorno.