Os bancos em geral atrelam um conta PJ a um único CNPJ, logo utilizar a mesma conta bancária para geração de remessas em unidades de CNPJ diferentes acarretará em erros no processamento da remessa, onde o seu internet banking rejeitará a remessa alegando que a inscrição da empresa enviada não corresponde a registrada no Banco.

Para esses casos é necessário que entre em contato com sua agência, e abra contas diferentes para cada CNPJ.