Por que valores das tarifas dos boletos não estão sendo lançados?

O sistema só lança as tarifas dos boletos caso eles venham no arquivo de retorno. Caso essa informação não venha no arquivo de retorno mas você saiba qual é, é possível configurar o campo "taxa do boleto" acessando Config > Financeiro > Boletos editando o as configurações do boleto desejado.