Só envie o boleto para o cliente após resposta do banco confirmando o registro do boleto. Os bancos costumam enviar essa confirmação em até 24h. Caso envie o boleto antes para o cliente de confirmar o registro, ele pode não conseguir pagar por não ter dado tempo do banco confirmar o registro do título. Pensando neste problema, o Conexa possui um recurso para disponibilizar o boleto ao cliente somente após a confirmação do registro do título. Veja como acessando este tópico de nossa central de ajuda: Saiba como disponibilizar os boletos apenas após confirmação do registro

Você precisa gerar arquivos de remessa de boletos criados no Conexa e enviá-los ao banco (instituição financeira), isso é o registro do(s) boleto(s). Para gerar arquivos de remessa no Conexa acesse: Financeiro > Contas a Receber > Operações > Gerar Arquivo de Remessa. Para mais detalhes, acesse este tópico de nossa central de ajuda: Como gerar o arquivo de remessa dos boletos e enviar para o banco?

Atualmente os bancos não permitem o pagamento de um boleto caso o título não tenha sido registrado.
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Dependendo de suas configurações junto ao banco, seus boletos podem ser automaticamente protestados caso fiquem em aberto por uma determinada quantidade de dias.

Alguns bancos cobram tarifas de manutenção mensal para cada boleto registrado que não tenha sido pago/liquidado/cancelado no banco.

Uma vez gerado o arquivo de remessa referente a algum boleto, ao fazer alguma alteração na cobrança, o Conexa irá gerar um comando que ficará disponível em Financeiro > Contas a Receber > Outros Cadastros > Arquivo de Remessa, para que você informe ao banco que aquele título foi alterado. Por exemplo, ao cancelar a cobrança vinculada a remessa o Conexa irá gerar o Comando de Baixa de Título que deve ser enviado ao seu banco para que o título seja baixado. Para mais detalhes sobre outros comandos, acesse o seguinte tópico de nossa central de ajuda: É possível fazer outras operações com o arquivo de remessa além de registrar os títulos?