Para filtrar somente os clientes Pessoa Jurídica ou seja clientes cadastrados com CNPJ pode seguir esse passo a passo:

Clientes > Listar Clientes:
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Em seguida clica em Busca Avançada:
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E na aba de Tipo de Cliente, insere : "Pessoa Jurídica" e por fim só clicar em Filtrar.

Todos os clientes exibidos na listagem após esse filtro serão Pessoas Jurídicas.