Essa função é habilitada/desabilitada apenas no portal do Gerencianet. Não tem como o Conexa alterar essa configuração. É feito em Cobranças > Configurações > Boletos Bancários e Carnês > Opção "Bolix".
Caso você habilite isso, todos os boletos gerados por você no Conexa terão - além do código de barras - um qrcode para ser pago com pix, conforme exemplo abaixo:

Ou seja, o "Bolix" é um boleto que possui um código de barras e um qrcode pix ao mesmo tempo, e pode ser pago das duas formas.
Notem as seguintes coisas:
1- Esse QRcode do bolix é gerado pelo gerencianet, não é o qrcode gerado pelo conexa.
Isto é, se você tiver ativo tanto o bolix quanto a integração com pix, esse qrcode não tem nada a ver com o qrcode gerado ao clicar em "Pix" na fatura
2- Caso o cliente pague pelo pix do bolix, a tarifa cobrada é a tarifa de boleto, e não a tarifa de pix.
A tarifa de pix só é cobrada se for utilizado o pix que é gerado pelo Conexa, clicando em "pix" na fatura.
3- Caso o cliente pague pelo pix do bolix, o Conexa não irá gerar uma "transação pix". A cobrança será quitada como se tivesse sido por boleto (até porque tecnicamente foi).
Isso porque nesse caso o Gerencianet não informa ao Conexa se o cliente pagou por código de barras ou por qrcode.
4- Caso algum cliente não queira isso, ele deverá desativar a opção Bolix através do sistema gerencianet.
Não recomendamos utilizar as duas funções ao mesmo tempo (integração pix e bolix ao mesmo tempo) a não ser que saiba o que tá fazendo, pra evitar confusões.
Revisão:
"Eu tenho a uma tarifa de 0,99 no pix e 2,99 no boleto. Meu cliente pagou com o pix, mas cobrou 2,99????"
Caso o cliente pague pelo qrcode do boleto, a tarifa cobrado é a de boleto.
"Meu cliente pagou com pix, mas não gerou nada no relatório de "Transações Pix""
Caso o cliente pague pelo qrcode do boleto, o Gerencianet não informa isso ao Conexa, portanto, o Conexa interpreta como quitado por boleto.
"Por que o QRcode que eu gerei na fatura, clicando em "Pix", está diferente do que tá aparecendo no boleto?"
O qrcode que aparece no boleto não é criado pelo Conexa, e sim diretamente pelo Gerencianet.
Já ao clicar em "Pix" na fatura, o Conexa gera um pix através da integração pix.
É diferente do Bolix.