Sim. O sistema tem suporte a quitações parciais. Digamos que você tenha pago uma despesa de R$ 500,00 de três formas diferentes. Selecione a primeira forma de pagamento informando o valor pago e clique em quitar.

Automaticamente o sistema irá gerar outra despesa com o restante do valor. Basta quitar a outra despesa usando a outra forma de pagamento utilizada até informar as três formas de pagamento da despesa.