Se a sua carteira for com registro e estiver habilitada aparecerá no menu a opção Financeiro > Contas a Receber > Operações > Gerar Arquivo de Remessa

Ao acessar essa tela, selecione a configuração de boleto para que as cobranças passíveis de arquivo de remessa apareçam abaixo.

Atenção: Ao gerar qualquer comando de Baixa de Título, tenha certeza de que você só importará esse arquivo no banco APÓS enviar o arquivo que contém o comando de registro de novo título.
Se por acaso você importar no banco um comando de baixa de um título que não foi registrado ainda, a baixa não irá funcionar (e se você tiver protesto automático configurado, seu cliente poderá ser protestado indevidamente).

Em seguida selecione as cobranças que deseja gerar remessa e clique em "Gerar". O sistema irá fazer o download do arquivo para o seu computador.

Caso não apareça nenhuma cobrança na tabela, quer dizer todas as cobranças da Unidade/Boleto selecionada foram geradas remessas.

Depois entre na área restrita do seu banco e faça o upload do arquivo para que o banco processe a remessa. Geralmente os bancos denominam a área de envio de arquivo como Transmissão de Arquivos > Transmitir.

Caso você tenha gerado o arquivo anteriormente você pode fazer o download de qualquer arquivo de remessa na coluna Emissão em Financeiro > Contas a Receber e clicar no botão "Baixar Arquivo" ou acessando Financeiro > Contas a Receber > Outros Cadastros > Arquivos de Remessa.