Para cada título contido no arquivo de remessa é possível enviar outros tipos de comandos.
Os comandos suportados no momento são:

1 - Assim que novas cobranças forem sendo geradas, aparecerá a opção Registro de Novo Título ao acessar Financeiro > Contas a Receber > Operações > Gerar Arquivo de Remessa. Para mais detalhes, acessar esta resposta em nossa base de conhecimento: Como gerar o arquivo de remessa dos boletos e enviar para o banco?
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2 - Caso exclua, cancele ou quite manualmente alguma cobrança registrada, aparecerá a opção Baixa de Título ao acessar Financeiro > Contas a Receber > Operações > Gerar Arquivo de Remessa dessas cobranças excluídas, canceladas ou quitadas manualmente. Uma vez dada a baixa, não é possível desfazer a operação no banco. Esta opção é muito útil em ocasiões onde aquela cobrança não será mais paga ou o cliente pagou de outra forma que não foi por boleto bancário como dinheiro, cartão de débito e outros.
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3 - Caso altere o vencimento de alguma cobrança, aparecerá a opção para Alterar Vencimento ao acessar Financeiro > Contas a receber > Operações > Gerar Arquivo de Remessa. Esta opção é útil caso queira dar um prazo maior de pagamento aos seus clientes e não cobrar juros e multa dele. Logo depois, você pode enviar ao banco a remessa com essa informação.
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Estamos trabalhando continuamente para que possamos adicionar outros tipos de comandos e facilitar ainda mais o gerenciamento dos títulos gerados.