Isto geralmente ocorre nos casos de outros comandos como baixa e alteração de vencimento. Se houver dentro do mesmo arquivo de remessa outros títulos com comando de registro de título, os títulos serão registrados normalmente. Nesses casos os bancos fazem a rejeição parcial do arquivo, não comprometendo o funcionamento dos registros dos títulos.
Os principais motivos para este erro ocorrer são:
O título não foi registrado
O título foi registrado mas já foi dado baixa anteriormente por outros motivos e já não existe mais
Verifique se o título realmente foi registrado verificando se a remessa foi realmente enviada e se não houve rejeição da instrução de registro por parte do banco.
Caso o título tenha sido registrado corretamente, é bem provável que o título já esteja baixado. Os bancos permitem a baixa através de diversas maneiras como baixa automática, baixa manual através de comando no internet banking ou através de arquivo de remessa. Provavelmente a baixa foi realizada por alguns desses meios. Entre em contato com seu banco para verificar se o título foi baixado ou qual seria o real motivo da não aceitação do comando.