Para quitar uma cobrança você pode ir em Cobrança>Listar Cobranças e clique no ícone da coluna de ações no ícone de três pontinhos:

Para conseguir informar diferentes meios de recebimento para uma cobrança será necessário realizar a quitação parcial da cobrança e depois informar na quitação da segunda cobrança o seu respectivo meio de recebimento.

Para saber mais sobre como quitar parcialmente uma cobrança verifique o link: Como quitar/quitar parcialmente uma cobrança?.

Após quitar parcialmente será gerada outra cobrança com o valor restante e você pode informar outro meio de recebimento. Em Cobranças>Listar>Cobranças as duas cobranças serão exibidas, clicando em cima de uma delas será possível verificar as observações da mesma, observe: