Para quitar uma cobrança você pode ir em Financeiro > Contas a Receber e clique no ícone da coluna de ações indicado na imagem abaixo:
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Caso você queira quitar parcialmente basta o valor pago informado ser menor do que o valor total da cobrança.
Observe abaixo:
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Dessa forma o sistema gera outra cobrança com o valor restante e você pode informar a quitação do mesmo somente quando o cliente pagar, e pode quitar as duas cobranças por dois meios de recebimento diferentes, caso queira saber mais sobre "Como informar quitação de uma cobrança por dois meios de recebimento diferentes?", acesse esse link: Como informar quitação de uma cobrança por dois meios de recebimento diferentes?.