Se o sistema informa que o cliente ultrapassou a cota, mesmo que ainda não tenha atingido seu limite, provavelmente o faturamento está sendo feito de forma errada.
As cotas são descontadas no momento do faturamento, e a contagem segue essa linha do tempo, ou seja, ela só vai renovar quando o faturamento do último mês for feito.
O faturamento pra descontar a cota, precisa ser contratual. Se o sistema está informando que ultrapassou, sem que isso tenha acontecido, é possível que você esteja realizando o faturamento avulso e por isso as informações não batem.
Para atualizar a contagem das cotas, tente o faturamento contratual e, se a situação persistir, entre em contato com o nosso suporte.