Para que a cota seja descontada e você não seja cobrado, é preciso realizar o faturamento contratual; caso você realize o faturamento avulso, a cota não será aplicada e será gerada uma cobrança para aquela utilização.
Lembrando: Ao utilizar um serviço coberto pelas cotas, um valor será gerado. Mas não se preocupe, ao realizar o faturamento contratual, aquela cota será aplicada e você não pagará nada pela utilização da mesma.