Para filtrar somente os clientes Pessoa Jurídica ou seja clientes cadastrados com CNPJ pode seguir esse passo a passo:
Clientes > Listar Clientes:
Em seguida clica em Busca Avançada:
E na aba de Tipo de Cliente, insere : "Pessoa Jurídica" e por fim só clicar em Filtrar.
Todos os clientes exibidos na listagem após esse filtro serão Pessoas Jurídicas.