Basta alterar a alíquota de ISS de sua unidade, você realiza isso através de Configurações > Unidades > Editar
Na aba Nota Fiscal
Informe o novo valor no campo Alíquota ISS (%). As próximas notas fiscais geradas irão levar em consideração a nova alíquota informada.
E em seguida, salve no final da pagina.