Basta alterar a alíquota de ISS de sua unidade. Acesse config (engrenagens) > unidades clique no lápis na coluna ações para editar a empresa que deseja alterar o percentual, Em Configurações Financeiras informe o novo valor no campo Alíquota ISS (%). As próximas notas fiscais geradas irão levar em consideração a nova alíquota informada.