ATENÇÃO: Não é possível baixar PDF da nota em lote, apenas os xml's.
Para baixar os xmls em lote, você precisará ir até Relatórios > Contas a Receber > Notas Fiscais.
Em seguida selecione as cobranças que você deseja fazer o download e clique no botão Ações em Lote > Download do XML das Notas Fiscais selecionadas.
Para baixar o pdf de uma cobrança, você pode seguir o mesmo caminho acima e clicar em Ações (...) > Imprimir Nota Fiscal.