Para alterar a configuração padrão do boleto de seu cliente, acesse a opção de edição do cadastro dele e altere o campo Unidade como na imagem.
Para editar o cadastro de um cliente acesse Cliente > Listar Clientes e clique no ícone de edição na coluna Ações.
Dessa forma, as próximas cobranças desse cliente que gerarem boleto, utilizarão as informações da nova configuração selecionada.