Sim, no Conexa você poderá definir para não gerar boleto para algum cliente especifico. Em geral usa-se essa opção para clientes que pagam utilizando outras formas como: Cheque, Carteira, Transferência, Depósito, entre outras.
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Para definir isso acesse o Dashboard do Cliente e filtre pelo cliente. Basta agora acessar a aba Configurações Gerais e marque Não na opção "Gera Boleto".
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Se deseja fazer isto para uma cobrança em específico, basta ver esta resposta de nossa base de conhecimento: Como não permitir geração de boleto de uma cobrança em específico?
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​Observação 1.: Ao enviar um Aviso Manual de cobranças que não geram boleto, o sistema deixará desmarcado por padrão, contudo, caso queira enviar mesmo assim, o parâmetro com o link do boleto será removido da mensagem no momento do disparo do Aviso para o seu cliente.
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​Observação 2.: Para os clientes com carteira com registro, as cobranças que não geram boleto não serão listadas na tela de geração de remessa (Financeiro > Contas a Receber > Outros Cadastros > Arquivo de Remessa)

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