Esta opção é aplicável SOMENTE para boletos com registro convencionais e não se aplica a meios eletrônicos de pagamento como PagSeguro ou GerenciaNET.

Acesse Financeiro > Contas a Receber > Outros Cadastros > Arquivo de Remessa. Localize a remessa que deseja desfazer e clique no botão Desfazer Remessa na coluna Ações.
Em seguida, você poderá gerar um novo arquivo de remessa com os títulos que estavam vinculados a ela. Veja como gerar arquivos de remessa aqui: Como gerar o arquivo de remessa dos boletos e enviar para o banco?

Esta opção é útil principalmente quando o banco retorna algum erro ao processar os arquivos de remessa e você precisa tentar registrá-los novamente após correção do erro (cliente com cpf/cnpj inválido, número da agência/conta errado, cnpj do beneficiário incorrente, dentre outros)