Esta opção é aplicável SOMENTE para boletos com registro convencionais e não se aplica a meios eletrônicos de pagamento como PagSeguro ou GerenciaNET.

Acesse Config > Financeiro > Boleto. Localize a configuração de boleto e clique no botão Editar na coluna Ações.
Acesse a aba Carteira Com Registro e altere o número do campo Sequencial da Próxima Remessa para o código que desejar.

Esta opção é útil principalmente quando a empresa já gerava títulos anteriormente e precisa atualizar o sequencial para a última remessa aceita pelo banco e resolver problemas de registro de título por este motivo.