O primeiro passo é configurar corretamente o contrato do cliente acessando o Dashboard do Cliente, selecione o cliente e clique na aba Contratos, clique no lápis em Opções Avançadas:
Em Cotas de Produtos selecione a quantidade e o produto que foi cadastrado anteriormente,adicione e salve.
A partir daí, o cliente tem um contrato personalizado de acordo com suas necessidades. Durante o uso os produtos serão contabilizados como vendas normalmente dentro do sistema e a cota será utilizada na hora do faturamento, quando serão dados os descontos de acordo com o que foi cadastrado. Você também pode verificar quanto quanto da cota já foi utilizada naquele mês e o cliente também tem acesso a essa informação através da área do cliente:
Como verificar as cotas em produtos que o meu cliente possui?