Para desativar um boleto que não vai ser mais utilizado no sistema siga até o menu Config > Financeiro > Boletos e clique no ícone Desativar na coluna de Ações:

O boleto será desativado, mas o histórico financeiro irá permanecer normalmente no sistema.
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Para reativar o boleto clique no ícone Ativar na coluna de Ações:

Importante! Os boletos desativados não irão aparecer como opção no campo Empresa/Conta para Faturamentos no cadastro do cliente.

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