Para não permitir a geração de boleto de uma cobrança em específico basta editar a cobrança a marcar para Não no campo Gerar Boleto como na imagem:
Caso não esteja aparecendo o ícone de edição, essa resposta em nossa base de conhecimento poderá esclarecer melhor: O ícone de alteração da cobrança não está aparecendo, o que fazer?
Caso queira tornar isso padrão para alguma cliente veja como acessando a seguinte resposta de nossa base de conhecimento: Posso não gerar boletos para um determinado cliente?