O processo de geração de boletos é bastante simples. Primeiro, ao gerar suas cobranças, você deverá informar ao banco da existência desses títulos. Isso é feito através do arquivo de remessa.
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O arquivo de remessa deve então ser enviado para o banco para que os títulos possam ser registrados. Geralmente ao entrar no seu internet banking, existe um local apropriado para isso. O termo mais comum é "Transmissão de Arquivos".
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Com os títulos registrados, você poderá encaminhar os boletos para os seus clientes pagarem.
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Em contrapartida, o banco gera arquivos de retorno onde constam os boletos pagos, registrados e rejeitados. O banco informa isso a partir dos arquivos de retorno. Todos os dias o banco gera arquivo de retorno. Para processar esses arquivos, acesse Financeiro > Contas a Receber > Operações > Gerar Arquivo de Retorno e envie o arquivo de retorno para que o Conexa o processe. Por fim, o sistema irá mostras as cobranças encontradas no arquivo e você poderá dar baixa no arquivo de retorno.
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Para saber mais detalhes sobre os cuidados a serem nas carteiros com registro, acesse essa resposta de nossa central de ajuda: Quais os cuidados preciso ter em relação aos boletos com registro?