A integração com o Conexa permite quitação automática, mas isso só ocorre quando o pagamento é registrado no Banco Inter, por isso seguimos o prazo bancário do banco, para compensação, nesse caso, até 2 dias úteis.
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O ideal é consultar sempre o Internet Banking para verificar se o pagamento já foi registrado. Assim que o pagamento é registrado, o Conexa pode levar até 1 dia útil para atualizar o status do pagamento de forma automática (resultando 3 dias).
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No contas a receber, você vai clicar no simbolo do banco e analisar o status dessa forma:

Não é comum, mas caso esses prazos sejam excedidos, é possível importar o extrato bancário do Inter, na extensão CSV (para saber como emitir o extrato no banco Inter, clique aqui, assim o Conexa fará uma busca para encontrar boletos que não foram atualizados e realizará a quitação automaticamente.
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​Financeiro > Contas a receber > Operações > Importar Recebimentos do Banco Inter.
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