Para realizar o faturamento avulso, você realiza o seguinte:

​Siga para o menu Financeiro > Faturar > Cobrança Avulsa.

Ao selecionar um cliente, aparecerá na tela uma lista das vendas não faturadas e seus respectivos valores. Selecione uma (ou mais) venda(s) que deseja faturar

Você poderá escolher a forma de pagamento, a quantidade de parcelas (se houver parcelamento) e o desconto que desejar.

Você também utilizar as opções avançadas

Onde existe opções para a retenção de ISS para essa cobrança especifica ou configurar o numero da nota fiscal

E por fim, basta clicar em faturar