Todo banco fornece um sistema que permite acesso aos arquivos de retorno. Pode ser um programa instalado no computador ou no próprio internet banking.

O arquivo de retorno é um arquivo que o seu banco disponibiliza com informação de baixa e registros de títulos. Este arquivo normalmente fica disponível um dia após o arquivo de remessa ser enviado.
Para baixar o arquivo de retorno acesse o seu banco o caminho muda de banco para banco mas normalmente fica em Transmissão de Arquivos > Consultar.

Após baixar o arquivo de retorno diariamente em seu banco, acesse Financeiro > Contas a receber > Operações > Importar Arquivo de Retorno e faça o upload do arquivo. Será exibido uma tela com um resumo das informações do arquivo. O valor pago será diferente de R$ 0,00 quando são referentes a liquidações de boletos. Para outros comandos como confirmação de baixa, esse valor será R$ 0,00 pois não houve liquidação de título através da compensação do boleto. Clique em processar para que as alterações de baixa e registro sejam feitas.

Caso não haja liquidação, registro ou rejeição de título, será exibida a mensagem "Não há pagamentos ou registros/rejeições de boletos neste arquivo".

Assista a este vídeo ilustrando como funciona tanto a quitação manual quanto automaticamente de cobranças: Vídeo - Como liquidar / quitar Boletos através de arquivo de retorno ou manualmente?