Infelizmente, hoje o Conexa não dispõe de uma ferramenta que faça pausas em contratos. No entanto, é possível fazer essa ação cancelando as vendas dos meses cujo cliente não será cobrado.
Para isso você pode seguir até o contrato do cliente em Venda > Listar Vendas.
Agora selecione Cliente e Origem venda (contrato).
Por fim, é só cancelar as vendas referentes aos meses que o cliente não será cobrado.
IMPORTANTE: Não é possível cancelar vendas que já estejam faturadas, sendo necessário excluir a cobrança antes de fazer essa tentativa.