Quero gerar os boletos de outra configuração de boleto para um cliente meu. Como proceder?

Para alterar a configuração padrão do boleto de seu cliente, acesse a opção de edição do cadastro dele e altere o campo Unidade como na imagem.
Unidadecliente.png

Para editar o cadastro de um cliente acesse Cliente > Listar Clientes e clique no ícone de edição na coluna Ações.

Dessa forma, as próximas cobranças desse cliente que gerarem boleto, utilizarão as informações da nova configuração selecionada.